尽管包皮环切术是最简单的小手术，若操作不当会有一定的风险。包皮环切术后并发症的发病率约为0.2%～0.6%，最常见的为出血及局部感染。据报道，①术后切口可能发生轻度出血，大约1 /500。大多数切口出血通过局部加压止血，极少需要缝合或再手术（1 /1000）；②因切口局部感染而需要用抗生素者大约在1 /4000。虽然局部可出现感染，其局部感染很可能是正常愈合过程中的一部分；③包皮环切手术所致的需要住院的严重并发症少见，约1 /5000；④性和性心理障碍，极少人担忧包皮环切手术后会影响阴茎勃起；⑤包皮环切手术后的疼痛，极少人在手术后发生剧痛或疼痛性休克；⑥极少见的阴茎背神经阻滞麻醉导致阴茎头缺血病理改变，严重者导致阴茎头坏死而切除；⑦包皮环切术后的系带问题，如系带过短、系带水肿等；⑧阴茎皮下硬结或瘢痕凹凸；⑨痛性勃起问题； 包皮切除过多或过少问题等 包皮切口裂开或延期愈合； 阴茎包皮淋巴水肿的发生； 尿道口炎及外口狭窄 尿道皮肤瘘的发生。